Parafia pw. Najśw. Serca Jezusowego została erygowana 20.02.1907 r. przez Biskupa płockiego Apolinarego Wnukowskiego. Według dokumentu z 1203 r. wieś Małkinia należała do parafii Brok. W 1987 r. z parafii Najśw. Serca Jezusowego powstała w Małkini nowa placówka duszpasterska.
W 1905 r. w Małkini wybudowano kaplicę, przy której zamieszkał na stałe duszpasterz. Obecny kościół murowany w stylu neogotyckim pw. Najśw. Serca Jezusowego wybudowany w latach 1906-1909 staraniem ks. prob. Leona Gościckiego; pobłogosławiony 1.08.1909 r. przez ks. prałata Aleksandra Rzewnickiego; konsekrowany 4.09.1913 r. przez Abpa A. J. Nowowiejskiego.
Na terenie parafii znajduje się kościół filialny murowany pw. NMP Częstochowskiej w Błędnicy, zbudowany w latach 1990-1995 staraniem ks. prob. Józefa Samluka, pobłogosławiony 22.06.1995 r. przez Biskupa łomżyńskiego Juliusza Paetza.