Parafia pw. Najświętszego Serca Jezusowego została erygowana 20 lutego 1907 r. przez Biskupa płockiego Apolinarego Wnukowskiego. Według dokumentu z 1203 r. wieś Małkinia należała do parafii Brok.
W 1905 r. w Małkini wybudowano kaplicę, przy której zamieszkał na stałe duszpasterz. Obecny kościół murowany w stylu neogotyckim pw. Najświętszego Serca Jezusowego wybudowany w latach 1906-1909 staraniem ks. prob. Leona Gościckiego; pobłogosławiony 1 sierpnia 1909 r. przez ks. prałata Aleksandra Rzewnickiego; konsekrowany 4 września 1913 r. przez Abpa A. J. Nowowiejskiego.
Na terenie parafii znajduje się kościół filialny murowany pw. NMP Częstochowskiej w Błędnicy, zbudowany w latach 1990 - 1995 staraniem ks. prob. Józefa Samluka, pobłogosławiony 22 czerwca 1995 r. przez Biskupa łomżyńskiego Juliusza Paetza.
W 1987 r. z parafii Najświętszego Serca Jezusowego powstała w Małkini nowa placówka duszpasterska.
